Біля села Троїцького розкопано 10 курганів, у яких виявлено 89 поховань, у тому числі поховання доби бронзи (III—І тисячоліття до н. е.), скіфських та сарматських часів (IV та II століття до н. е.), а також поховання кочовиків (X—XII століття н. е.)
Село було засноване в 1862 році вихідцями з Полтавської та Чернігівської губерній.
В 1872 році почалося будівництво залізниці через Новобогданівку, і 28 червня 1874 року ділянка Запоріжжя — Мелітополь вступила в експлуатацію.
У 1906 році у Новобогданівці була побудована перша церква й освячена у свято Різдва Пресвятої Богородиці.
Під час організованого радянською владою Голодомору 1932—1933 років в Новобогданівці померло щонайменше 232 людей.
В роки застою у Новобогданівці розташовувалася центральна садиба колгоспу «Авангард». Колгосп обробляв 8324 га сільськогосподарських угідь, у тому числі 6130 га орної землі, і спеціалізувався на вирощуванні нетелів. Підсобними підприємствами колгоспу були консервний цех з переробки овочів і фруктів, вальцовий млин, олійниця, пилорама.
До кінця 1990-х років колгосп «Авангард» став банкрутом. В 2000 році він був перетворений в акціонерне товариство «Авангард — 2000». Тоді ж почалася розпаювання колгоспної землі. В 2002 році акціонерне товариство «Авангард — 2000» припинило своє існування.
17 березня 2015 року у селі невідомими патріотами було повалено пам’ятник Леніну.
